O membro do grupo do telegram, LNS, que é co-autor do Namarupa, me deixou como dica para que o indicator-application não seja mais atualizado o seguinte comando:
Faça o seguinte no Terminal:
echo "indicator-application hold" | sudo dpkg --set-selections
e aí updates do pacote nunca irão mais ser feitos.
Para desfazer, caso queira:
echo "indicator-application install" | sudo dpkg --set-selections
Uma vez já atualizado esse pacote, o primeiro passo desse tutorial publicado no Diolinux fez os ícones voltarem a ser apresentados no Namarupa:
https://www.diolinux.com.br/2019/01/como-ter-os-icones-dos-indicadores-elementaryos-juno-50.html
Mas o LNS me advertiu que, em uma próxima atualização do indicator-application, esse comando do tutorial restaria desfeito, mas mesmo assim fica a dica.
Espero que ajude quem chegue aqui com esta mesma dificuldade que a minha, mas que está resolvida. 
